Sua atuação distribui-se pela etnologia, história e direitos dos índios, escravidão negra, etnicidade, conhecimentos tradicionais e teoria antropológica. Entre suas publicações constam os livros "Cultura com aspas"; "Negros, estrangeiros" e "Os mortos e os outros" ; organizou entre outras obras "História dos índios no Brasil" e "Enciclopédia da floresta". Foi professora doutora da Universidade Estadual de Campinas e professora titular da Universidade de São Paulo, onde é aposentada e colaboradora. Foi full professor da Universidade de Chicago de 1994 a 2009, onde é professora emérita.
Artigos completos publicados em periódicos
CUNHA, MANUELA CARNEIRO DA. 'Cultura' e Cultura: conhecimentos tradicionais e direitos intelectuais. Cadernos Ultramares, v. 41, p. 1-137, 2020.
MACHADO, RICARDO BOMFIM ; CUNHA, MANUELA CARNEIRO DA ; AGUIAR, LUDMILLA MOURA DE SOUZA ; BUSTAMANTE, MERCEDES . As várias faces das ameaças às áreas de conservação no Brasil. CIÊNCIA E CULTURA, v. 72, p. 58-64, 2020.
CUNHA, MANUELA CARNEIRO DA. Antidomestication in the Amazon: Swidden and its foes. HAU: JOURNAL OF ETHNOGRAPHIC THEORY, v. 9, p. 126-136, 2019.
CARNEIRO DA CUNHA, Manuela. Why Did We Publish a Book about Indigenous Peoples? History in Brazil in 1992?. History of Anthropology Newsletter, v. 42, p. 1, 2018.
Capítulos de livros publicados
CUNHA, MANUELA CARNEIRO DA. Antidomestication in the Amazon: Swidden and its Foes. In: Lloyd Geoffrey E. R.; Vilaça, Aparecida. (Org.). Science in the Forest, Science in the Past. 1ed.Chicago: Hau Books, 2020, v. 1, p. 171-190.
CUNHA, MANUELA CARNEIRO DA. Manuela Carneiro da Cunha. In: Camila Loureiro Dias; Ariork Capiberibe. (Org.). Os Índios na Constituição. 1ed.Cotia: Ateliê Editorial, 2019, v. 1, p. 35-54.
CARNEIRO DA CUNHA, Manuela; Morim de Lima, A.G. . How Amazonian Indigenous Peoples enhance Biodiversity. In: Brigitte Baptiste, Diego Pacheco, Manuela Carneiro da Cunha and Sandra Diaz. (Org.). Knowing our Lands and Resources: Indigenous and Local Knowledge of Biodiversity and Ecosystem Services in the Americas. Knowledges of Nature. 1ed.Paris: Unesco, 2017, v. 11, p. 1-22.
CARNEIRO DA CUNHA, Manuela. Traditional People, Collectors of Diversity. In: Brightman M.; Lewis J.. (Org.). The Anthropology of Sustainability. 1ed.New York: Palgrave Macmillan, 2017, v. , p. 257-273.
CARNEIRO DA CUNHA, Manuela. "Le chamanisme amazonien: écho même du travail de traduction". In: Ph. ERIKSON. (Org.). "Le chamanisme amazonien: écho même du travail de traduction". 1ed.Nanterre: Publications de la Société d?ethnologie, 2016, v. II, p. 233-248.
Livros publicados/organizados ou edições
CARNEIRO DA CUNHA, Manuela; MAGALHAES, S. (Org.) ; ADAMS, C. (Org.) . Povos Tradicionais e Biodiversidade no Brasil: Seção 1. 1. ed. Brasília: SBPC, 2022. v. 1. 80p .
PEDROSA, A. ; GIUFRIDA, G. ; DINIZ, C. ; COELHO, F. ; AMANCIO, K. ; SCHWARZ, L. M. ; CARNEIRO DA CUNHA, Manuela . Luiz Zerbini: A Mesma História Nunca é a Mesma. 1. ed. São Paulo: Masp, 2022. v. 1. 220p .
Emperaire, Laure (Org.) ; CUNHA, MANUELA CARNEIRO DA (Org.) ; MAGALHAES, S. (Org.) ; ADAMS, C. (Org.) . Povos Tradicionais e Biodiversidade no Brasil: : contribuições dos povos indígenas, quilombolas e comunidades tradicionais para a biodiversidade, políticas e ameaças. 1. ed. Brasília: Sociedade Brasileira para o Progresso da Ciência - SBPC, 2021. v. 1. 352p .
CARNEIRO DA CUNHA, Manuela; BARBOSA, S. . Direitos dos povos indígenas em disputa. 1. ed. São Paulo: EDUNESP, 2018.
MAGALHAES, S. ; CARNEIRO DA CUNHA, Manuela . A expulsão de ribeirinhos em Belo Monte: relatório da SBPC. 1. ed. São Paulo: SBPC, 2017.